Kiedy Pompejusz zastanawiał się jak zdobyć Jerozolimę, wśród Żydów w oblężonym przez Rzymian mieście zrodził się ostry spór. Zwolennicy króla Arystobula chcieli go siłą uwolnić z rąk rzymskich, natomiast ludzie wierni Hirkanowi opowiadali się za otworzeniem bram przed Pompejuszem. Liczbę tych ostatnich podwajał strach przed bitnością i karnością legionistów. Ta opcja przeważyła ostatecznie w sporze, dlatego zwolennicy Arystobula schronili się wewnątrz warownej świątyni Pańskiej gotowi walczyć z Rzymianami na śmierć i życie niszcząc przedtem za sobą jedyny most który do niej prowadził.
W późniejszym już czasie, lecz jeszcze przed sławnym, morderczym atakiem Tytusa Flawiusza na Przybytek Pański w roku 70 na n.e., Rzymianie urządzili sobie z pobliskiej twierdzy chroniącej świątynię, a wybudowanej przez króla Idumejczyka Heroda Wielkiego, koszary wojskowe, które mocno drażniły przybywających na święto Paschy pielgrzymów znakami legionów oraz posągami rzymskich bogów.
Kiedy stronnicy króla Arystobula schronili się w Świątyni Pańskiej, zwolennicy Hirkana natychmiast otworzyli bramy miasta legionistom, w tym także i pałac królewski, który z rozkazu Pompejusza zajął swoimi żołnierzami Gnejusz, Kalpurniusz Pizon, który obległ też wewnętrzne mury świątynne razem ze zwolennikami Antypatra i Hirkana, gdyż nie był on w stanie nakłonić poddanych króla Arystobula do poddania się. Zaś sam Pompejusz w północnej stronie nakazał swoim legionistom zasypać wąwóz który biegł u podnóża muru świątynnego. Wiele ton kamienia zmuszeni byli przenieść na swoich barkach żołnierze Pompejusza aby wykonać rozkaz wodza, ale daremny był to trud, gdyż narażeni byli oni na ciosy włóczni i strzał przeciwnika, który raził ich z góry podczas wykonywanej przez nich pracy.
Wtedy to Pompejusz wykorzystał do walki... religię żydowską. Skorzystał on bowiem z faktu, że w szabat Żydzi nie mogli nic czynić z nakazu Tory, łącznie z walką - wyjątkiem obrony własnej - a tutaj była ona przecież wspólna. Od tej pory żołnierze rzymscy w dni powszednie zdobywali mury a w szabat w spokoju zasypywali wąwóz usypując później w tym miejscu wał, na którym kazał Pompejusz ustawić sprowadzone z Tyru katapulty. Jednak wieże obronne usadowione wzdłuż murów, były niezwykle masywne i okazałe, przez co wytrzymywały zadawane im przez Rzymian ciosy. Kto kiedykolwiek był pod Ścianą Płaczu w Jerozolimie ten widział ogrom bloków skalnych, z których wzniesiono mury, oraz może sobie wyobrazić resztę innych, potężnych kamiennych przeszkód jakie znajdowały się do pokonania na drodze legionistów.
Kiedy walka trwała, Pompejusz nie mógł wyjść z podziwu nad wytrwałością obrońców w walce oraz w niezaniedbywaniu przez nich obowiązków służby Bożej, kiedy to zewsząd spadały pociski rzymskie. Z całą skrupulatnością jakby to był pokój, nie wojna, składano ofiary całopalne Bogu i odprawiano drobiazgowe modły.
W trzecim miesiącu oblężenia legionistom udało się wreszcie z pomocą machin obleżniczych z Tyru zniszczyć jedną z wież obronnych. Pierwszym który wdarł się wowczas za mur na dziedziniec świątynny, był trybun Faustus Korneliusz, syn Sulli a tuż za nim jego wierni setnicy Furiusz i Fabiusz prowadzący swoich żołnierzy. Doszło wtedy do rzezi na dziedzińcu, gdyż legioniści nie żałowali miecza zgrupowanym tam Żydom. Ci z obrońców, którym udało się ujść z życiem z dziedzińca schronili się więc w Przybytku Pańskim, gdyż rannych Rzymianie z wściekłością dobijali na miejscu. Wycofujący się Żydzi zatrzasnęli wprawdzie za sobą wrota świątynne, ale te dość szybko padły pod impetem nacierających. Rzymianie wdarli się do środka i musieli być tym faktem nieco zaskoczeni, gdyż kapłani widząc idących ku nim z okrwawionymi mieczami, w zakurzonych od pyłu wojennego legionistów w spokoju trwali przy spełnianiu obowiązków religijnych, tak też i ponosili śmierć, w czasie rytualnych oblucji i paleniu kadzideł stawiając służbę Bogu ponad własne życie. Rzymianie wycinali ich w morderczym zapale niczym drwal milczące drzewa na opał. Świątynia spłynęła krwią niewinnych... W mieście dochodziło również do dantejskich scen, w tym do mordów bratobójczych, gwałtów i grabieży, gdyż po stronie Rzymian stali zwolennicy Antypatra i Hirkana, mordowali oni więc swoich braci z nie mniejszą zaciekłością od wojsk Pompejusza. Podpalano przy tym domy mieszkalne wraz z ich mieszkańcami. Śmierć w płomieniach poniosło dwanaście tysięcy ludzi. Rzymianie nie zapisali sobie jednak wielkich strat w zabitych, lecz wielu z nich było rannych.
Kiedy walki dobiegły końca wszedł Pompejusz do wnętrza świątyni wraz ze swoimi oficerami, a następnie przeszedł za zasłonę do jądra Przybytku Pańskiego, do którego wstęp miał tylko arcykapłan i obejrzał to, co było wewnątrz: świecznik, lampy, stół ofiarny, naczynia ofiarne i kadzielnice, a wszystko to wykonane z czystego złota - oraz skarbiec - a w nim dwa tysiące talentów zbieranych przez wieki. Nie tknął on jednak widzianego przez siebie bogactwa, co ciekawe rozkazał swoim podwałdnym aby oczyścili miejsce wokół z krwi i trupów, po czym nakazał Żydom w kolejnych dniach przystąpić do składania tradycyjnych przepisanych przez Prawo ofiar (stało się tak w grudniu 165 r. przed Chrystusem).
Wprawdzie po latach zarówno Pompejusza jak i Marka Emiliusza Skaurusa oskarżono iż wzięli oni od króla Arystobula 1000 talentów łapówki, ale były to jedynie czcze groźby Senatu, gdyż Gabinniusz nie przyniósl do obozu Rzymian nawet jednej sestercji.
Hirkan otrzymał natomiast z rąk Pompejusza pozwolenie bycia arcykapłanem, gdyż podczas oblężenia dawał wyrazy wielkiego oddania Rzymianom, w szczególności za odciągnięcie od króla Arystobula większości mieszkańców miasta w tym ludności wiejskiej.
W ogromnej liczbie jeńców wziętych przez Pompejusza obok króla Arystobula znalazł się również jego teść, który był jednocześnie jego wujem. Tych, spośród pojmanych, których najbardziej obciążała wina za podżeganie do obrony miasta i wojny z Rzymem, kazał Pompejusz natychmiast ściąć. Faustusa Korneliusza Sullę i jego żołnierzy, za to iż pierwsi wdarli się za mury uczcił odznaczeniami, a na Jerozolimę nałożył surową daninę. Odebrał też Pompejusz Izraelitom miasta przez nich wcześniej zdobyte w Celesyrii, nad którymi wyznaczył swego namiestnika ścieśniając Żydów na ograniczonym terenie.
Kazał też odbudować i odbudował zniszczoną przez Izrael Gadarę oddając ją pod panowanie swego wyzwoleńca Demetriusza. Wyzwolił spod panowania Żydów leżące w głębi Celesyrii miasta, których nie zdążyli oni zburzyć: Hippos, Scytopolis, Pellę, Samarię, Jamnię, Marisę, Azot i Aretuzę, jak również miasta nad Morzem Śródziemnym: Gazę, Joppę, Dorę oraz Wieżę Strachona, którą to później Herod Wielki przebudował znacznie czyniąc w niej przy okazji wspaniały też port, oraz zmieniająć jego nazwę ku chwale cezara Oktawiana Augusta na Cezarea.
Wspomniane zaś miasta wraz z ziemiami przyłączył Pompejusz do rzymskiej prowincji Syria. Natomiast samą Judeę wraz z Jerozolimą oraz tereny leżące pomiędzy Egiptem a rzeką Eufrat oddał pod władzę swego wiernego oficera, kwestora, Marka Emiliusza Skaurusa, który miał tam czuwać nad spokojem z pomocą darowanych mu dwóch legionów (nie na długo jednak, bo wdał się Skaur w uciążliwą dla Rzymu wojnę z władcą Arabii Aretasem). Sam zaś Pompejusz wiodąc ze sobą setki jeńców, w tym króla Arystobula z rodziną udał się przez Cylicję do Rzymu. W trakcie podróży jeden z synów króla jednakże zbiegł, nazywał się Aleksander, ale drugi o imieniu Antygon wraz z dwoma siostrami i ojcem dotrał z Pompejuszem do Rzymu.
