[1] Zaszczytną pozycję archeopteryksa jako ogniwa pośredniego pomiędzy dinozaurami a ptakami zaczęto podważać pod koniec lat 70-tych i w latach 80-tych ubiegłego wieku. Po kolei podważano jego 21 rzekomo wspólnych cech z pewnego rodzaju dinozaurami. Szczegółowe analizy wykazały, że cechy te były zdecydowanie ptakopodobne, a nie gadopodobne. M.J. Benton stwierdził, że: „Szczegóły mózgoczaszki oraz powiązane z nią kości tylnej części czaszki wydają się sugerować, że archeopteryks nie jest przodkiem ptaków, lecz odgałęzieniem od wczesnego ptasiego pnia” (Nature 1983, vol. 305, s. 99).
Haubitz ze współpracownikami dowiedli, że kość czworoboczna okazu archeopteryksa z Eichstaett jest podwójna, co upodabnia go do współczesnych ptaków (B. Haubitz, M. Prokop, W. Doehring, J.H. Ostrom and P. Wellnhofer, Paleobiology1998, vol. 14, No. 2, s. 206).
Z kolei L.D. Martin i współpracownicy ustalili, że ani zęby, ani kostka archeopteryksa nie mogły pochodzić od dinozaurów Theropoda. Kości były typowe dla innych (przypuszczalnie późniejszych) uzębionych ptaków, a kostki nie ujawniały żadnej homologii z analogicznymi kośćmi u dinozaurów (L.D. Martin, J.D. Steward and K. Whetstone, The Auk 1980, vol. 97, s. 86).
A.D. Walker przedstawił analizę ucha archeopteryksa, która ujawnia, wbrew wcześniejszym badaniom, że okolica ta jest bardzo podobna do okolicy ucha u współczesnych ptaków (wg Peter Dodson, "International Archaeopteryx Conference", Journal of Vertebrate Paleontology, June 1985, vol. 117, s. 595).
Współczesny świat naukowy doszedł do wniosku, że archeopteryks był pierwszym ptakiem, a nie ogniwem pośrednim pomiędzy gadami a ptakami. Miał on w pełni ukształtowane pióra i to kilku różnych typów, o złożonej strukturze. Miał on też pióra asymetryczne, które są charakterystyczne dla silnych ptaków (por. Alan Feduccia, “Feathers of Archaeopteryx: Assymetric Vanes Indicate Areodynamic Function”, Science 1979, March 9).
Gwoździem do trumny roli archeopteryksa jako ogniwa pośredniego było znalezienie okazów ptaków starszych od archeopteryksa (por. S. Weisburd, Science News, August 16, 1986, s. 103 i Tim Beardsley, Nature 1986, vol. 322, s. 677. Powyższe dane bibliograficzne dotyczące archeopteryksa cytuję za: Mieczysław Pajewski, Stworzenie czy ewolucja?, Wydawnictwo „Duch Czasów”, Bielsko-Biała 1992, s. 183-187).
Obecnie w naukowej i popularnonaukowej literaturze ewolucjonistycznej otwarcie twierdzi się, że archeopteryks był ptakiem:
W opublikowanej nakładem Yale University Press jesienią ub. r. [1996] książce Feduccia powołuje się na dowody w postaci opisanych przez siebie w Science okazów, wskazujących jego zdaniem na to, że już przed 140 mln lat żyły zadziwiająco nowoczesne ptaki. Był wśród nich Confuciusorniswielkości sroki oraz Liaoningorniswielkości wróbla; oba miały bezzębne dzioby. Zwłaszcza ten drugi wyglądał zadziwiająco współcześnie, miał bowiem kostny grzebień na mostku, podobnie jak dzisiejsze ptaki. Oba ptaki były bardziej zaawansowane niż Archaeopteryx, powszechnie uważany za najstarszego upierzonego ptaka.
(John Horgan, "Co było wcześniej?", Świat Nauki nr 4, kwiecień 1997, s. 8, podkreślenie dodane).
Były to pierwsze dwa okazy praptaka Archaeopteryx lithographica, najbardziej prymitywnego znanego nam przedstawiciela ptaków rozmiarów sroki. (...) Archeopteryks – najstarszy znany ptak – wnosi nowe cechy, takie jak pazur odchylonego do tyłu palucha zwrócony ku pazurom na pozostałych palcach.
(Kevin Padian i Luis M. Chiappe, "Skąd się wzięły ptaki", Świat Nauki nr 4, kwiecień 1998, s. 27 i 29, podkreślenia dodane).
