[1] W 1953 r. w swym eksperymencie Miller i Urey użyli mieszaniny bogatej w wodór, metan, amoniak i parę wodną. Jednak już w latach 70-tych XX wieku geochemicy dowiedli, że ziemska atmosfera w tamtym okresie miała inny skład chemiczny niż ta użyta w eksperymencie Millera-Ureya. Zupełnie inne były proporcje zwłaszcza wodoru, który nie mógł występować w takiej ilości jak w eksperymencie, ponieważ ziemska grawitacja jest zbyt słaba, by utrzymać większą jego ilość w atmosferze. Wedle geochemików bardziej realistyczna atmosfera składała się z wulkanicznych gazów: dwutlenku węgla, azotu, dwutlenku siarki, pary wodnej i niewielkiej ilości tlenu. Gdy tę bardziej realistyczną mieszaninę badano w aparaturze Millera-Ureya, eksperyment z otrzymaniem aminokwasów nie powiódł się.
O konsensusie geochemików w kwestii tego, że mieszanina użyta w eksperymencie Millera-Ureya nie była realistyczna, zobacz: Heinrich D. Holland, “Model for the Evolution of the Earth’s Atmosphere”, w: A.E.J. Engel, Harold L. James and B.F. Leonard (eds.), Petrologic Studies: A Volume in Honor of A.F. Buddington, Geological Society of America 1962, s. 448-449 [447-477]; Philip H. Abelson, “Chemical Events on the Primitive Earth”, Proceedings of the National Academy of Sciences USA 1966, vol. 55, s. 1365-1372; Marcel Florkin, “Ideas and Experiments in the Field of Prebiological Chemical Evolution”, Comprehensive Biochemistry 1975, 29B, s. 241-242 [231-260] i Sidney W. Fox and Klaus Dose, Molecular Evolution and the Origin of Life, Revised Edition, Marcel Dekker, New York 1977, s. 43, 74-76.
O niepowodzeniu eksperymentu Millera-Ureya w bardziej realistycznej symulacji atmosfery wczesnej Ziemi por.: Gordon Schlesinger and Stanley L. Miller, “Prebiotic Synthesis in Atmospheres Containing CH4, CO, and CO2: I. Amino Acids”, Journal of Molecular Evolution 1983, vol. 19, s. 376-382 i John Horgan, “In the Beginning...”, Scientific American, February 1991, s. 121 [116-126].
