[1] Wiemy, że dwie cechy są homologiczne, ponieważ pochodzą one od wspólnego przodka i wiemy, że pochodzą one od wspólnego przodka, ponieważ są one homologiczne. Takie ujęcie homologii jest, rzecz jasna, definiowaniem w błędnym kole.
Homologia nie jest „dowodem” na wspólnotę pochodzenia: wspólne pochodzenie to wniosek, bazujący na wielu innych źródłach informacji, wzmocniony przez wzorzec podobieństw i różnic anatomicznych struktur.
(„10 Answers to Jonathan Wells's «10 Questions»”, http://tiny.pl/h3mdn. Jest to artykuł National Center for Science Education, prestiżowej organizacji, zajmującej się obroną nauczania teorii ewolucji w publicznym szkolnictwie).
Odrębną sprawą, wartą osobnego omówienia, jest arbitralność ewolucyjnych powiązań, obowiązujących we współczesnej biologii:
Wyjaśnienie filogenetycznych [ewolucyjnych] powiązań pomiędzy większością zwierzęcych typów [phyla], opierające się na badaniu molekularnych podobieństw i różnic, jest nieuchwytnym problemem, a ich analiza prowadzi do rozmaitych filogenetycznych drzew.
(Michael Lynch, “The Age and Relationships of the Major Animal Phyla”, Evolution 1999, vol. 53, s. 323 [319-325]).
