Bataliony Chłopskie, jako druga pod względem liczebności organizacja zbrojna polskiej konspiracji, udaremniła realizację niemieckich planów wysiedlenia i eksterminacji ludności polskiej na Zamojszczyźnie, które były częścią zbrodniczego Generalplan Ost. Jako pierwsza podjęła w Europie z Niemcami walkę zbrojną, która przekształciła się w słynne „Powstanie Zamojskie”. Żołnierze BCh odwołując się do o hasła „Żywią i Bronią”, stanęli do otwartej walki o wolność, niepodległość i przetrwanie biologiczne narodu z okupantem niemieckim. Tuż po objęciu władzy na Zamojszczyźnie, przez niemiecką administrację cywilną i SS, zaczęto tu ściągać znaczne ilości sił policyjnych i wojskowych. Miały one różne zadania: prewencyjne, represyjne, odwetowe, likwidowania polskiego oporu oraz grabieży produktów rolnych. W 1940 r. została przeprowadzona akcja „AB” – wielu działaczy politycznych oraz inteligencję bądź wymordowano, bądź wywieziono do obozów koncentracyjnych. Do 1942 r. hitlerowcy wymordowali wszystkich Żydów. W październiku 1941 r. nieopodal Tomaszowa Lubelskiego utworzono jeden z największych w Europie ośrodków zagłady – obóz w Bełżcu. Z terenów Zamojszczyzny zamierzano również wysiedlić wszystkich Polaków. W połowie grudnia 1942 r., na Zamojszczyznę przybył komendant główny BCh Franciszek Kamiński. Na naradzie z komendantami obwodów Biłgoraj, Zamość i Hrubieszów, rozkazał zmobilizować w lasach Puszczy Solskiej duże siły partyzanckie i rozpocząć kontratak. Miał być przeprowadzony w trzech kierunkach: zorganizowanie masowej samoobrony, przeciwdziałanie ekspedycjom wysiedlającym i atakowanie wsi zasiedlonych przez kolonistów. Na szeroką skalę palono zasiedlone przez kolonistów wsie, największą tego typu akcją było spalenie wsi Cieszyn, podczas której zginęło około 160 kolonistów. W lutym 1943 roku, na Zamojszczyźnie było zgrupowanych kilka tysięcy partyzantów, nie licząc uczestników chłopskiej samoobrony. Wydarzenia te wywołały duży niepokój wśród niemieckich dowódców. Określili je jako „powstanie zamojskie”, które zagraża nie tylko akcji osiedleńczej, ale całej III Rzeszy. W meldunkach niemieckich pojawiały się informacje o tym, że „Zamojszczyzna to centrum bandytyzmu w kraju”.24 czerwca 1943 roku, rozpoczęła się niemiecka akcja Wehrwolf zmasowanym atakiem na Frampol, Biłgoraj i Tarnogród. W jej toku zniszczono dziesiątki wsi, zamordowano ok. 1000 ludzi, 60 tys. wywieziono i porwano setki dzieci. Reasumując Bataliony Chłopskie zajmowały szczególną pozycję powołane do określonych zadań wojskowych i polityczno — wychowawczych stały się jego głównym trzonem. Przede wszystkim broniły wsi, walczyły o niepodległość kraju i jego ludowy kształt. Koncepcja walki z okupantem była realistyczna: nie formułując celów na wyrost, BCh starały się dostosować formy walki do specyfiki życia w środowisku wiejskim i tak prowadzić działania, by jak najmniej narażać ludność na barbarzyńskie represje okupanta. Główną osią walki było przeciwdziałanie eksterminacji biologicznej oraz eksploatacji gospodarczej wsi. Broniąc na przełomie lat 1942 - 1943 ludności wysiedlanej z terenów Zamojszczyzny, BCh jako pierwsze podjęły na okupowanych ziemiach walkę zbrojną. Bitwy pod Wojdą, Zaborecznem i Różą były pierwszymi na taką skalę wystąpieniami zbrojnymi ruchu oporu, nie tylko w Polsce, lecz także i w okupowanej Europie. Chłopi w regularnych bitwach bronili ziemi rodzinnej i podstaw egzystencji narodu. Czyn zbrojny BCh i AK na Zamojszczyźnie pokrzyżował niemieckie plany kolonizacji ziem wschodnich! Na skutek aktywności partyzantów i narastającego ruchu oporu w sierpniu 1943 r. Himmler zdecydował o zakończeniu wysiedleń. Powstanie na Zamojszczyźnie było drugim co do wielkości, po powstaniu warszawskim, aktem zbrojnego sprzeciwu przeciw niemieckiej okupacji. Ofiarami represji padło 100 tys. Polaków.
