Od początku ponownej okupacji państw bałtyckich Sowieci wprowadzili brutalny i krwawy terror.
Osoby aresztowane przez Sowietów był tak brutalnie bite, iż wedle raportów z jednego z okręgów 18% aresztowanych zmarło w trakcie śledztwa. Oprócz bicia, aresztowanych rażono prądem, przypalano papierosami oraz podtapiano. Pewną kobietę torturowano tak samo jak bohatera Roku 1984 George’a Orwella: Eleonorę Labanauskienė zamknięto w toalecie wielkości budki telefonicznej z pięćdziesięcioma szczurami. Stosowanie takich metod metod było wspierane przez Kreml, a sam Stalin stwierdził, że stosowanie tortur jest „absolutnie właściwe i pożyteczne”, gdyż „przynosi rezultaty i znacznie przyśpiesza demaskowanie wrogów ludu”.
Nic więc dziwnego, że „leśni bracia” woleli zginąć, niż się poddać. Wedle jednego raportu sowieckiej milicji ze stycznia 1945 roku oddziały NKWD otoczyły dom z dwudziestoma pięcioma partyzantami, którzy odmówili poddania się nawet po tym, gdy dom został podpalony. Pięciu z nich wyrwało się na zewnątrz i czołgało po polu w kierunku załogi karabinu maszynowego, usiłując go uciszyć. Zostali zastrzeleni jeden po drugim, ale nie zrezygnowali z zadania. Reszta oddziału nadal strzelała z płonącego budynku, aż ten w końcu zapadł się i ich pogrzebał. Pewność, że będą torturowani, a także obawa przed tym, co mogliby ujawnić w trakcie przesłuchania, dostarczała partyzantom silnej motywacji, by nie dać się wziąć żywcem.
Do innych sposobów zastraszania ludności stosowanych przez Sowietów należały publiczne egzekucje przez powieszenie miejscowych przywódców partyzantki, deportacje podejrzanych o powiązanie z ruchem oporu i wystawianie na pokaz zwłok na rynku. W swoim pamiętniku Jozuas Lukša podaje sześć przypadków, kiedy trupy partyzantów wystawiono w wioskach, niekiedy w obscenicznych pozach, w celu sterroryzowania ludności. Czasami enkawudziści zmuszali mieszkańców, by przyszli i przyglądali się zabitym, przy czym reakcję widzów obserwowano, by stwierdzić, po czyjej stronie stoją. „Jeśli widzieli, że przechodzący obok zwłok ludzie okazywali smutek lub żałość, aresztowali ich i torturowali, żądając ujawnienia imion i nazwisk zabitych”.
Inną metodą Sowietów było palenie domów i zagród osób podejrzewanych o przynależność do partyzantki. Niekiedy wraz z nimi palono ludzi. Na przykład 1 sierpnia 1945 roku dowodzony przez starszego lejtnanta Lipina pluton NKWD podłożył ogień pod dom w wiosce Švendriai w pobliżu Šiauliai. Według zachowanej relacji: „Szeregowiec Janin podpalił dom z zewnątrz. Kiedy stara kobieta, robiąc znak krzyża, wyszła z budynku, a za nią dziewczyna, Lipin kazał im wrócić. Kobiety zaczęły uciekać. Lipin wyjął pistolet i zaczął do nich strzelać, ale chybił. Jeden żołnierz zastrzelił starą, podczas gdy Lipin pobiegł za dziewczyną i strzelił do niej z bliska. Potem rozkazał dwóm żołnierzom, by wzięli ciała i wrzucili przez okno do domu. Żołnierze złapali staruszkę za ręce i nogi i wrzucili do płonącego budynku, a potem zrobili to samo z ciałem dziewczyny. Niebawem przez inne drzwi wybiegł z wnętrza stary mężczyzna i syn. Żołnierze otworzyli ogień, ale nie trafili. Potem mnie i dwóm innym żołnierzom rozkazano złapać i zabić syna, ale nie udało się nam to, gdyż było ciemno i tamten uciekł. Wracając, zaczęliśmy przeczesywać pole żyta. Znaleźliśmy starszego mężczyznę; był ranny i czołgał się w zbożu. Jeden z żołnierzy go dobił i zanieśliśmy zwłoki do domu”.
Od 1946 roku Sowieci organizowali oddziały fałszywych partyzantów w celu schwytania tych prawdziwych. Takie grupy udawały, że pochodzą z innego rejonu kraju, i podczas umówionego spotkania z prawdziwymi partyzantami zabijały ich oraz wszystkich świadków. Mordowano także i okradano cywilów, podszywając się pod partyzantów i przysparzając im tym samym złej sławy.
Oprócz tworzenia fałszywych oddziałów Sowieci umieszczali agentów w oddziałach partyzanckich. Czasami wykorzystywali w tym celu komunistów ale zazwyczaj usiłowali zwerbować członków ruchu oporu, by zwrócić ich przeciwko dawnym towarzyszom broni. Największym źródłem agentów były amnestie z 1945 i 1946 roku. Wbrew ich warunkom enkawudziści grozili ujawniającym się partyzantom deportacją, jeżeli nie zgodzą się szpiegować swoich towarzyszy, oraz powrócić do oddziałów partyzanckich w roli agentów NKWD. Niektórzy uginali się jednak pod naciskiem i zaczynali donosić na byłych przyjaciół.
Jednym z największych sowieckich sukcesów była infiltracja centralnej organizacji litewskiego ruchu oporu. Wiosną 1945 roku NKWD zwerbowała lekarza nazwiskiem Juozas Markulis, który stał się jednym z najcenniejszych agentów. W trakcie następnych miesięcy Markulis zdołał przekonać partyzantów, że przewodzi podziemnej grupie wywiadowczej; zaczęto mu ufać do tego stopnia, że kiedy partyzanci próbowali stworzyć nową zwierzchnią organizację, Demokratyczny Ruch Oporu (Bendras Demokratinis Pasipriešinimo Sąjūdis, BDPS), Markulis został wybrany na jednego z przywódców. Obietnicą fałszywych dokumentów udało mu się zdobyć listę członków partyzantki, a nawet ich zdjęcia. Dzięki temu aresztowano lub zabito kilku regionalnych dowódców, niekiedy zastępując ich agentami Markulisa.
Jedną z najsłynniejszych stoczonych przez Litwinów potyczek z Sowietami była bitwa o Kalniškės, do której doszło w lesie na południu Litwy dokładnie tydzień po oficjalnym zakończeniu wojny. Rozegrała się ona między licznym oddziałem NKWD z pobliskiego garnizonu w mieście Simnas a małą, lecz zdeterminowaną grupą partyzantów dowodzonych przez Jonasa Neifaltę, pseudonim Lakūnas („Lotnik”).
Neifalta był byłym oficerem armii litewskiej, który walczył zarówno z Niemcami jak i Sowietami. Już w czasie pierwszej okupacji sowieckiej znajdował się na specjalnej liście osób do likwidacji. Schwytano go w 1944 roku i został postrzelony w pierś, ale zdołał uciec ze szpitala, w którym Sowieci umieścili go pod strażą. Po wyzdrowieniu wraz z żoną Albiną uciekli do lasu. Następne pół roku spędzili na zbieraniu ludzi, szkoleniu ich i przeprowadzaniu błyskawicznych operacji przeciwko Sowietom i ich współpracownikom.
W celu złapania Neifalty, 16 maja 1945 roku do lasów Kalniškės została skierowana silna jednostka NKWD. Otoczyła ona obszar, na którym Neifalta się ukrywał, i zaczęła zaciskać pierścień okrążenia. Neifalta ze swoimi żołnierzami wycofali się na wzgórze i przygotowali się do bitwy. Bronili się bohatersko, zadając znaczne straty Sowietom – według partyzantów było ich ponad 400. Po wyczerpaniu się amunicji Neifalta z dwoma tuzinami swych towarzyszy przebili się przez sowieckie linie i uciekli, znajdując schronienie na pobliskich bagnach Žuvintas. W potyczce zginęło 44 Litwinów, w tym żona Neifalty.
Jednak Sowieci mogli sobie pozwolić na stracenie w jednej bitwie dziesiątków, a nawet setek ludzi. A partyzanci – nie.
Taktyka Sowietów była prosta - lokalizowali pojedyncze grupy partyzanckie i likwidowali jedną po drugiej. Po likwidacji przez NKWD zimą 1944/1945 kierownictwa ruchu, nikt nie koordynował działalności poszczególnych oddziałów partyzanckich. Lokalni dowódcy mieli znikomy kontakt z dowódcami z innych regionów i walczyli o czysto lokalne cele.
Bitwa pod Kalniškės pokazuje wszystkie słabości litewskiego ruchu oporu: niedostatek zasobów, wysoki wskaźnik strat, błędną taktykę oraz brak spójnej strategii na poziomie narodowym. Jedyną ich przewagą było oddanie dla sprawy, o którą walczyli, oraz wręcz straceńcza odwaga.
W listopadzie 1945 roku Neifalta oraz kilku jego kolegów zostali kolejny raz otoczeni w odosobnionej zagrodzie i zginęli w wymianie ognia.
CDN.
