Jak wynika z informacji opisywanych przez działaczy Stronnictwa Ludowego, w marcu, 1939 roku, rozpoczęły się przygotowania do powrotu Wincentego Witosa do Polski. Powrót ten ostatecznie miał miejsce w kwietniu tegoż samego roku. Już wówczas strona niemiecka wyrażała swoje zainteresowanie rozmowami z Witosem na temat przyszłości Polski — Witos jednak z całą stanowczością odmówił możliwości współpracy z nazistowskim reżimem. Jak sam wspomina. Nawet sanacyjne więzienie było lepsze od kolaboracji. Edward Kaleta był tym, któremu Niemcy zdradzili część swojego planu. Miał przedstawić to Witosowi i nakłonić go do rozmów o współpracy z hitlerowską Rzeszą. Niemiec, upoważniony przez swój rząd, przedstawił zarys nowego ukształtowania Europy Wschodniej oraz ofertę dla Wincentego Witosa, którego Niemcy uznawali za wybitną postać. Podczas wyżej wymienionych rozmów Kaleta stwierdził, iż Polska winna wyciągnąć wnioski z lekcji, jaką przeszły Czechy, Austria i Rumunia. Podczas rozmów zagroził również iż Niemcy mają dość siły, żeby Polskę zmusić do współpracy. Strona Niemiecka zaproponowała Witosowi dokonanie przewrotu, po którym sprawowałby władzę w Polsce, Witos stanowczo odmówił, zdając sobie sprawę, iż takie działanie łamałoby zasady parlamentaryzmu, demokracji, praworządności i stanowiłoby działanie naruszające interes narodowy.
Wincenty Witos po powrocie do Polski aktywnie włączył się w działalność Stronnictwa Ludowego mimo znacznych problemów zdrowotnych i ograniczeń wynikających z racji wieku. Witos w swych wystąpieniach deklarował stanowczo, iż wobec sytuacji w Niemczech i zajęcia Czechosłowacji wewnętrzne spory polityczne powinny mieć charakter drugorzędny. Witos podkreślał, iż nie czas na porachunki z sanacją, uznając, iż pora się jednoczyć w walce o niepodległą Polskę, lider Stronnictwa Ludowego czynił to mimo faktu, iż przecież na skutek obalenia ustroju politycznego Polski w 1926 roku został wyrugowany z życia publicznego i skazany na karę więzienia mimo swych wielkich zasług w walkę o Polską Niepodległość zarówno w okresie funkcjonowanie Polski po I wojnie światowej, w okresie wojny Polsko – Bolszewickiej, jak i w samej I wojnie światowej.
Przywódca Stronnictwa Ludowego podkreślał w konsolidacyjnych wystąpieniach potrzebę jedności politycznej i poszukiwania poczucia wspólnoty w narodowej. Na tajnej naradzie w Kielcach Witos mówi wprost, aby ludowcy szykowali się na wojnę, nie wierzył w zapewnienia sojusznicze Francji i Anglii. Witos krytycznie odnosił się do polityki informacyjnej ówczesnego rządu, który deklarował, iż Hitler nie odważy się na atak na Polskę. W listopadzie 1939 roku powstały pierwsze konspiracyjne kontakty, w roku 1940 możemy mówić już o całej sieci konspiracyjnego ruchu ludowego. We wrześniu, pociąg, w którym jechał Witos, został zbombardowany, a on został ranny. Bezpośrednio po tym wydarzeniu znalazł schronienie u znajomego, skąd 16 września dokonało jego aresztowania. Jeszcze w roku 1940 Niemicy nadal bezskutecznie próbowali namówić do poparcia budowy fasadowego państwa polskiego zależnego i wspierającego III Rzeszę, Witos stanowczo odmówił.
Od 14 maja 1940 Witos był internowany w pensjonacie w Zakopanem. 28 lutego 1941 został zwolniony wraz z zobowiązaniem do przebywania w Wierzchosławicach. Przebywał w Wierzchosławicach pod stałym nadzorem gestapo. W tym czasie stan jego zdrowia znacznie się pogorszył. Podczas internowania stale współpracował z polskim Państwem Podziemnym. W lipcu 1944 r. odmówił Niemcom wydania antysowieckiej odezwy do narodu. Natomiast w czerwcu 1945 r. nie przyjął zaproszenia do Moskwy na konferencję dotyczącą powstania Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej. Witos jest jednym z tych polityków, który nawet w czasach najtrudniejszych nie wyparł się swych poglądów i wartości, które reprezentował, których podstawą była praca na rzecz niepodległej ojczyzny.
