Już od roku 1939 kiedy to armia III Rzeszy wkroczyła na terytorium Polski i rozpoczął się czas brutalnej Niemieckiej okupacji. Przedstawiciele władz III Rzeczy Niemieckiej nie kryli swoich planów w stosunku do ludności polskiej. Nie tylko chodziło im o zdobycie terytorium, ale i o zniszczenie kultury polskiej oraz biologiczną zagładę narodu polskiego. Częścią składową planu biologicznej zagłady było maksymalne ograniczenie możliwości rozwoju umysłowego polskiej młodzieży. Heinrich Himmler powiedział: „Dla polskiej ludności Wschodu nie mogą istnieć szkoły wyższe niż 4-klasowa szkoła ludowa. Celem takiej szkoły ma być wyłącznie proste liczenie, najwyżej do pięciuset, napisanie własnego nazwiska, wiedza, iż boskim przykazaniem jest być posłusznym Niemcom, uczciwym, pracowitym i rzetelnym. Czytania nie uważam za konieczne”. Na terytorium Polski anektowanym przez III Rzeszę nie było polskich szkół, w celach germanizacyjnych polskie dzieci chodziły do szkół niemieckich. W Generalnym Gubernatorstwie zlikwidowano szkoły wyższe i średnie. Pozostawiono natomiast szkoły podstawowe i zawodowe z okrojonym programem nauczania i zakazem uczenia historii, geografii i literatury. Niemiecka organizacja szkolnictwa opierała się na polskich urzędach oświaty, wprowadzając do nich Niemców jako zwierzchników, stopniowo zmniejszając liczbę zatrudnionych Polaków i zakres ich kompetencji. A jednak mimo terroru, powstało tam samorzutnie podziemne tajne nauczanie, które znajdowało się pod nadzorem tajnych organizacji wojskowych. Na terytorium II Rzeczypospolitej okupowanym po agresji ZSRR na Polskę przez Armię Czerwoną i anektowanych jednostronnie przez ZSRR, w latach 1939-1941 utrzymywały się w różnym stopniu i formach państwowe szkoły podstawowe i średnie z językiem polskim. Były one jednak przez władze sowieckie zasadniczo zreorganizowane, zarówno jeżeli chodzi o skład grona pedagogicznego, jak też programu nauczania, czy organizację szkół. Szkoły wyższe zostały poddane dość gruntownej ukrainizacji lub rusyfikacji, usunięto część kadry profesorskiej, wprowadzając na jej miejsce wykładowców sprowadzonych z całego terenu ZSRR, zlikwidowano wydziały teologiczne, wprowadzono nauczanie ideologii komunistycznej. Już w roku 1939 powstaje Tajna Organizacja Nauczania która jednoczyła największy Związek Nauczycielstwa Polskiego oraz pięć innych organizacji nauczycielskich. Nauczyciele zbierali po kilkoro dzieci i w największej konspiracji uczyli je. Jeden nauczyciel uczył swoją grupę w zakresie szkoły powszechnej według programu przedwojennego dwa lub trzy razy w tygodniu. Ilość kompletów wzrastała i nauczyciel musiał ułożyć plan zajęć, żeby objąć nauczaniem kilka grup w różnych lokalach. Było to możliwe przy ścisłej współpracy z rodzicami. Należy pamiętać iż tajne nauczanie było bezwzględnie zwalczane przez niemieckie władze okupacyjne – w latach 1939-1945 życie straciło 8,5 tys. polskich nauczycieli. Nauczyciele i uczniowie wiedzieli, że w razie wykrycia groziło im, a nawet właścicielom mieszkań, w których odbywały się komplety, więzienie i obóz koncentracyjny. Brutalne represje stosowane przez okupanta nie powstrzymywały jednak tajnego nauczania. Mimo grożących kar za nielegalne nauczanie większość nauczycieli nie przerwała swej misji i przez cały okres okupacji służyła młodzieży. Tajne komplety, prowadzone na tak wielką skalę na ziemiach polskich, były jedyną tego rodzaju formą oporu w okupowanej Europie. Mimo grożących kar za nielegalne nauczanie rzesza nauczycieli nie przerwała swego powołania i przez cały okres II wojny światowej służyła młodzieży. Tysiące straciło życie w obozach koncentracyjnych i więzieniach gestapo.
