W styczniu 1531 roku wyruszyła z Panamy pod dowództwem Pizzara flotylla trzech statków wioząca około 180 ludzi oraz 30 koni z zamiarem podbicia imperium Inków. Później dołączyły jeszcze do niej dwa okręty z setką ludzi i 25 końmi. Imperium Inków, pomimo swojego zacofania technicznego, wyrażającego się na przykład nieznajomością konstrukcji koła osiągnęli niezwykłą sprawność organizacyjną. Atahualpa miał swoją bazę z ośrodkiem w mieście Cajamarca. Zainteresowany był nawiązaniem kontaktu z dziwnymi cudzoziemcami, którzy jesienią 1532 roku przygotowywali się do wyruszenia w głąb kraju poprzez łańcuch Andów- był to niewielki oddział, liczący 60 konnicy i stu piechurów. Atahualpa nie wyobrażał sobie, by taka garstka obcych mogła stanowić dla niego zagrożenie. Zamierzał zwabić Hiszpanów w głąb swojego terytorium i tam się z nimi rozprawić. Hiszpanie wkroczyli do na wpół opuszczonej Cajamarki. Zaraz po zajęciu miasta Pizzaro wysłał do inkaskiego władcy delegację z zadaniem zaproszenia Atahualpy na spotkanie z Hiszpanami. Kiedy zbliżała się pora pojawienia Inki, Pizzaro starannie rozmieścił swoich żołnierzy, przygotowując własną pułapkę. Atahualpa przybył na główny plac Cajamarki niesiony w lektyce przez 80 szlachetnie urodzonych Indian i w otoczeniu groźnej gwardii przybocznej liczącej kilka tysięcy wojowników. Kapelan Pizzara starał się nawrócić Atahualpę na chrześcijaństwo wręczając mu modlitewnik. Jednak władca Inków rzucił na ziemię ofiarowaną książkę. Pizzaro dał sygnał do uderzenia na Indian. Nagle odsłonięto jedyną, ale za to strategicznie ustawioną armatę, ta zaczęła ostrzeliwać tłum Indian, powodując wśród nich przerażenie. Piechurzy i kawalerzyści porzucili swoje ukrycia w budynkach otaczających plac. Skierowali lufy swoich arkebuzów na tłum indiańskich wojowników i zasypali ich morderczym ogniem. Jednocześnie Pizzaro wraz ze swoimi pomocnikami rzucił się w stronę Atahualpy i uprowadził go. Tymczasem ogarnięci paniką i bezradni wobec broni palnej Indianie zadeptywali się wzajemnie na śmierć. Zginęło ich wówczas ponad dwa tysiące. Ani jeden Hiszpan nie stracił życia. Zapadła noc i wielotysięczny tłum andyjskich Indian, którzy czekali pod bramami Cajamarki, również został ogarnięty paniką na widok przepełnionych przerażeniem wojowników. Po raz pierwszy i ostatni zdarzyło się, że mała grupa składająca się wyłącznie z Hiszpanów dokonała tak niewiarygodnego, bojowego wyczynu.
Komentarze