Źródła SB wielokrotnie mówią o konfliktach Nowaka z czołowymi postaciami środowiska „Tygodnika Powszechnego”. W pełni potwierdzają to ustne przekazy osób, które pracowały w „Tygodniku” z Nowakiem. Źródła SB milczą natomiast na temat konfliktów Nowaka w kręgu kurii (z wyjątkiem sporów z mecenasem Andrzejem Rozmarynowiczem, którego Nowak darzył antypatią). Być może w kurii Nowak mniej drażnił niż w inteligenckim „Tygodniku”.
W każdym razie o traktowaniu go serio świadczyłby jego udział, jako przedstawiciela laikatu, w wypracowywaniu decyzji Kościoła w ważnych sprawach.
Był konsultowany w roku 1970, gdy Episkopat przygotował projekt listu pasterskiego na 50. rocznicę wojny polsko-bolszewickiej. List nie był napastliwy, tym niemniej aprobatywnie pokazywał postawę władz II RP i społeczeństwa polskiego w obliczu ofensywy Armii Czerwonej w roku 1920. Służba Bezpieczeństwa i Urząd do Spraw Wyznań usilnie zabiegały o storpedowanie tej inicjatywy. Istnieje bardzo obszerna dokumentacja udziału Nowaka w tej operacji. Powiedzmy tu tylko, że Nowak wyraził swoją opinię o treści tego dokumentu najpierw wobec kanclerza kurii ks. Mikołaja Kuczkowskiego, a potem na prośbę kard. Wojtyły także wobec niego i bpa Dąbrowskiego przybyłego w tej sprawie z Warszawy na konsultacje z metropolitą krakowskim. Była to opinia wybitnie krytyczna, Nowak przekonywał, że czytanie tego listu byłoby bardzo szkodliwe dla interesów Kościoła. Na koniec Nowak upewnił się co do stanowiska kard. Wojtyły, który miał mu powiedzieć, „że bez względu na to, jak się potoczy sytuacja na szczeblu Episkopatu – list w mojej diecezji nie będzie rozsyłany ani też czytany”[1].
Nowak wziął też bardzo aktywny udział w innej operacji Służby Bezpieczeństwa (zresztą trwającej wiele lat): urabiania kręgów watykańskich w okresie negocjacji o ustanowienie oficjalnych stosunków PRL – Stolica Apostolska. Wielokrotnie, będąc odpowiednio inspirowany przez SB, zabiegał w Watykanie (głównie u polskich prałatów: Andrzeja Deskura i Władysława Rubina) o wytworzenie tam opinii, że polski laikat popiera działania władz PRL-u w sprawie nawiązania stosunków. Wielokrotnie jego osoba i jego opinie miały być dla watykańskich rozmówców dowodem, że współżycie komunistycznego państwa z Kościołem katolickim nie tylko jest możliwe, ale że może przebiegać w miarę bezkonfliktowo, o ile ze strony katolickiej będzie dobra wola do takiej współpracy. W tym kontekście Nowak starał się wielokrotnie przekonywać swoich rozmówców, że o ile istnieją jakieś zadrażnienia w stosunkach państwo – Kościół, to biorą się one z postawy Episkopatu, a szczególnie z „awanturniczego” stanowiska Prymasa.
Przed każdym rzymskim wyjazdem albo rozmową w kraju z watykańskimi dostojnikami Nowak był – jak to określał SB-ecki żargon – „zadaniowany”. Tu tylko jeden przykład. W notatce po spotkaniu z 27 września 1971 r. Schiller napisał: „Zadanie: „W czasie rozmów z przedstawicielami watykańskimi [Nowak towarzyszył kard. Wojtyle podczas uroczystości beatyfikacyjnych o. Kolbego – RG] będzie lansował tezę, że kierowniczym ośrodkom Polski zależy na trwałym i realnym uregulowaniu spraw państwo – kościół. Powoływał będzie się przy tym na przykłady z własnej praktycznej działalności, które świadczą o takiej postawie władz. Zwracać będzie uwagę, że gesty ze strony władz państwowych powinny wywoływać podobne reperkusje ze strony czynników kościelnych, czego jednak u nas nie widać. Kościół nie może czekać jedynie, aby państwo szło na ustępstwa, nic wzamian nie dając. Gdy kościół żadnych pozytywnych kroków w stosunku do władz nie uczyni, może nastąpić ponowne zamrożenie sytuacji. Przy tym Watykan jak i hierarchia Kościoła w Polsce, musi brać pod uwagę, że nasz kraj nie jest krajem jedynym, lecz że znajduje się w orbicie polityki światowej, która ma dla rozstrzygnięć wewnętrznych b. poważne znaczenie”.
Analizowane dokumenty zdają się wskazywać, że Nowak te zadania wykonywał. Dwa przykłady.
Jesienią 1973 r. Nowak przebywał na międzynarodowej konferencji w Wűrtzburgu. W notatce spisanej ze słów „Aresa” po spotkaniu 17 listopada 1973 r. Schiller napisał. „We Wurtzburgu zostałem zaproszony przez bp Kempf Alfonsa. Pytał o stosunki między Państwem a Kościołem w Polsce. Na moje oświadczenie, że obie strony pracują nad formułą porozumienia Kempf wyraził wątpliwość w możliwości obustronnego uzgodnienia stanowisk między państwem komunistycznym a katolikami. Zapewniłem go, że w Polsce – mimo, iż jest państwem socjalistycznym nikt nie przeszkadza praktyk religijnych wiernym, o czym świadczą pełne kościoły. Porozumienie więc Państwo – Kościół stanowi w tym wypadku tylko kwestię czasu”.
8 grudnia 1973 r. (wcześniej otrzymawszy takie zadanie od Schillera) Nowak wysłał list do prałata Andrzeja Deskura, z którym był zaprzyjaźniony, o czym poinformował Schillera, przesyłając mu odpis. Oto fragment listu: „Najprzewielebniejszy i Drogi Andrzeju! (…) Ostatnią wizytę min. Olszowskiego u Ojca św. społeczność katolicka oceniła przychylnie. To kordialne i ciepłe potraktowanie daje jakąś nadzieję na lepszą przyszłość a kręgi kościelne napawa optymizmem na ostateczne uregulowanie stosunków Kościół – Państwo a dalej tak od dawna oczekiwany przyjazd Ojca św. do Polski. Byłoby to ukoronowaniem zawartego porozumienia, które ma już swój początek w cytowanej wizycie min. Olszowskiego no i zaproszenie Mgsr. Casaroli do Polski. Serdecznie pozdrawiam i ściskam, pozostając z głębokim szacunkiem, szczerze oddany, Tadeusz”.
W interesie SB leżało, aby opinie „społeczności katolickiej” docierające do Watykanu z Polski były właśnie takie. Nowak jej to przez długie lata gwarantował.
