Upadek drugiej dyktatury spowodował zmianę strategii realizowanej przez rząd powstańczy. Zrezygnowano z powołania dyktatora i koncentrowania oddziałów, zostawiając wolną rękę lokalnym dowódcom. Liczne potyczki mające charakter zbrojnej demonstracji powinny spowodować interwencję dyplomatyczną Napoleona III. Na powstańczych chorągwiach pojawia się hasło powstania kościuszkowskiego; „Wolność Całość Niepodległość” i trzeci, obok Orła i Pogoni, człon herbu: ukraiński Archanioł Michał. W walkach coraz częściej biorą udział zagraniczni ochotnicy – mówi p. Bogdan Klejn, kustosz Muzeum Wojska Polskiego.
Powstanie na ziemiach byłego Wielkiego Księstwa Litewskiego rozpoczęło się w uzgodnionym terminie, natomiast na Wołyniu i Ukrainie początkowo wybuchu nie przewidywano – zgodnie z porozumieniem zawartym przez stronnictwo czerwonych z rosyjską organizacją „Ziemia i Wolność”. Jednakże wobec sytuacji w której organizacja rosyjska nie udzieliła żadnej pomocy powstaniu, rząd narodowy postanowił zerwać umowę i rozpocząć walkę na Ukrainie. W okresie od 8 do 26 maja gen. Edmund Różycki stoczył szereg zwycięskich potyczek na obszarze między Żytomierzem a granicą austriacką na Zbruczu.
Strategia powstańcza realizowana latem 1863 r. przynosiła ogromne straty w ludziach a nadzieje na interwencję mocarstw zachodnich całkowicie zawiodły. 17 października Romuald Traugutt objął dyktaturę; podjął zadanie odbudowy centralnych władz powstańczych i dążył do przekształcenia walk partyzanckich w regularne działania wojenne, wyzwolenia Podlasia i województwa lubelskiego w celu utworzenia na tym obszarze głównej bazy powstania. Wznowił wstrzymaną uprzednio realizację dekretu uwłaszczeniowego. Niestety działania te podjęto zbyt późno – wyjaśnia p. Bogdan Klejn.
Dnia 5 sierpnia 1864 r. na stokach Cytadeli Warszawskiej powieszono Romualda Traugutta, Józefa Toczyskiego, Rafała Krajewskiego, Romana Żulińskiego i Jana Jeziorańskiego. Wobec braku wsparcia rządów państw europejskich powstanie upada. W maju 1865 roku zostaje schwytany ostatni dowódca partyzancki, ks. Stanisław Brzóska.
Powstanie z militarnego punktu widzenia poniosło klęskę. Represje objęły wszystkich uczestników i ich rodziny. Oprócz licznych wyroków śmierci uczestnicy powstania są masowo zsyłani na Syberię a ich majątki ulegają konfiskacie. Nie należy jednak zapominać, że powstanie przyniosło długofalowe skutki pozytywne dla całego narodu, a zwłaszcza dla podstawowej jego warstwy – chłopów. Najważniejszym z nich jest całkowita przebudowa społeczna. Wymuszone na zaborcy zniesienie poddaństwa i uwłaszczenie (2 marca 1864 r.) nie tylko zmieniło na lepsze sytuację ludności wiejskiej Królestwa. Mimo strat wojennych następne trzydziestolecie to rozwój gospodarczy, budowa przemysłu, wzrost zamożności a co za tym idzie także świadomości społecznej, ogromny przyrost ludności. Tworzy się nowoczesny naród polski.
