Każdy organizm jest biologicznie niejednorodnym środowiskiem.Tkanki tworzą specyficzne środowiska, które są przyjazne dla jednych mikrobów i szkodliwe dla innych. Różnorodność mikrobiologiczna środowisk w tkankach wynika z wielości funkcji jakie wypełniają poszczególne tkanki w organizmie.

Tkanki zbudowane z mięśni poprzecznie prążkowanych przetwarzają uwięzioną w cukrach, lipidach i aminokwasach energię chemiczną na energię mechaniczną i cieplną. W takich tkankach stężenia ww. związków organicznych są niższe niż w pozostałych tkankach.

Wyższe stężenie dwutlenku węgla, będącego produktem metabolizmu w mięśniach, zmniejsza prawdopodobieństwo zakażenia mięśnia mikrobami tlenowymi.

Każdą nadwyżkę glukozy w płynach ustrojowych tkanka mięśni szkieletowych wychwytuje przy pomocy insuliny i magazynuje w swoich komórkach w formie glikogenu. To również obniża stężenia dającej energię do życia glukozy w tkance mięśniowej i podnosi oporność tej tkanki na infekcje słodkożywne.Środowisko ludzkich tkanek wytwarzających energię mechaniczną i cieplną wydatnie ogranicza możliwości ekspansji wszystkich mikrobów w tych tkankach.

Skóra i tkanka tłuszczowa skutecznie chronią mięśnie przed bezpośrednim zakażeniem mikrobami ze środowiska naturalnego.Tkanki mięśniowe mogą ulec zakażeniu nie tylko przez otwartą ranę.Wewnętrzne urazy: np. naderwania lub stłuczenia mięśni, którym nie towarzyszy rozerwanie powłok skórnych, mogą również prowadzić do zakażenia kontuzjowanych tkanek.

W przypadku krytycznych obciążeń mięśnia dochodzi do mechanicznego rozerwania ciągłości biologicznych błon komórkowych mięśnia i wylanie się lizatu (roztworu powstałego po rozpadzie komórek) w środowisku tkanki mięśniowej. Materia organiczna niechroniona błoną komórkową jest lepszym środowiskiem dla rozwoju mikrobów krążących w płynach ustrojowych organizmu niż aktywne komórki tkanki.

Wywoływanie ruchu wewnętrznie uszkodzonego, bolącego mięśnia jest korzystne dla tego mięśnia.  Praca uszkodzonego mięśnia umożliwia szybszą biodegradację lizatu przez zdrowe komórki organizmu, więc zmniejsza się prawdopodobieństwo rozwoju infekcji w tkance uszkodzonego mięśnia. Stężenie lizatu szybciej opada w obrębie uszkodzonego mięśnia, gdy ten mięsień jest aktywny.

Podatność tkanki nerwowej na słodkożywne infekcje jest mała. Przetwarzanie energii zawartej głównie w cukrach na energię elektrycznych impulsów nerwowych skutecznie chroni tkankę nerwową przed infekcjami. Większa intensywność pracy układu nerwowego podnosi odporność tkanki nerwowej na infekcje, bo więcej cukru służy do tworzenia zbędnej mikrobom energii elektrycznej. Fragment tkanki nerwowej uszkodzony niedokrwiennym udarem jest bardziej podatny na zakażenia np. Fusarium, Aspergillus - mikrobami żywiącymi się głównie lipidami i aminokwasami będącymi głównymi substancjami organicznymi powstałymi po rozpadzie komórek nerwowych spowodowanym udarem. Mikroby obecne we krwi mogą trafić na przyjazne środowisko martwicy, tam się rozwijać, dalej infekować krew i następnie inne żywe tkanki organizmu i prowadzić do śmiertelnej posocznicy (sepsis).

W organizmie są również tkanki przetwarzające jedne chemiczne związki organiczne w inne. Przetwarzanie w tkance pospolitych substancji organicznych w związki sporadycznie występujące w środowisku naturalnym nie podnosi podatności tej tkanki na zakażenia.

Problemem dla organizmu jest ochrona przed mikrobami magazynowanych organicznych wydzielin z tkanek. Przestrzenie w piersiach, prostacie, pęcherzyku żółciowym, pęcherzu i nerkach wypełnione substancjami organicznymi są przyjaznym środowiskiem dla rozwoju mikrobów. Długotrwała obecność mikrobów w mleku, spermie, żółci, czy moczu, wynikająca również z małej aktywności ww. gruczołów, może doprowadzić do wniknięcia mikrobów do tkanek wytwarzających te wydzieliny, powstania w nich stanów zapalnych i zmian nowotworowych. Można ograniczyć liczebność populacji mikrobów: w moczu przez wzmożone dostarczanie organizmowi wody, w spermie przez częsty seks, w żółci - tłustą dietą.

Tkankami kontaktującymi się ze środowiskiem naturalnym największą powierzchnią są: płuca, przewód pokarmowy i skóra. Mikroby wnikają do naszych organizmów głównie przez rany w tych tkankach. Rany te często pochodzą od płazińców, obleńców i owadów żywiących się ludzką krwią.

Krew jest tkanką, która ma zapewnić wszystkim komórkom organizmu optymalne środowisko do życia. Tkanka ta normalnie nie ma bezpośredniego kontaktu ze środowiskiem naturalnym, więc narażona jest głównie na zakażenie mikrobami już obecnymi w organizmie.Krew dociera do większości tkanek organizmu, jest tam infekowana przez chore tkanki i może przekazywać swoje infekcje zdrowym tkankom.