Cała hiszpańska "konkwista" odbyła się bez choćby jednego regularnego żołnierza. Opanowanie poszczególnych terytoriów następowało wskutek nieskoordynowanych wysiłków niewielkiej grupy awanturników. Dopiero po dokonaniu przez nich dzieła podboju wkraczała Korona, próbując poddać ich swojej kontroli. Ci ludzie, nazywający się z dumą "konkwistadorami" często nawet nie byli w ogóle żołnierzami. W skład oddziału, który w roku 1532 pojmał w Cajamarce, ostatniego władcę Inków, wchodzili rzemieślnicy, urzędnicy, kupcy, marynarze, szlachcice i chłopi, co stanowiło przekrój społeczny hiszpańskich osadników w Ameryce, a w pewnym stopniu także i społeczeństwa Półwyspu Iberyjskiego. Atahualpa ( co znaczy Szczęśliwy Ptak) był ostatnim suwerennym władcą ze swojej dynastii. Stracono go przez uduszenie.
W styczniu 1531 roku wyruszyła z Panamy pod dowództwem Pizzara flotylla trzech statków wioząca około 180 ludzi oraz 30 koni z zamiarem podbicia imperium Inków. Później dołączyły jeszcze do niej dwa okręty z setką ludzi i 25 końmi. Imperium Inków, pomimo swojego zacofania technicznego, wyrażającego się na przykład nieznajomością konstrukcji koła osiągnęli niezwykłą sprawność organizacyjną. Atahualpa miał swoją bazę z ośrodkiem w mieście Cajamarca. Zainteresowany był nawiązaniem kontaktu z dziwnymi cudzoziemcami, którzy jesienią 1532 roku przygotowywali się do wyruszenia w głąb kraju poprzez łańcuch Andów- był to niewielki oddział, liczący 60 konnicy i stu piechurów. Atahualpa nie wyobrażał sobie, by taka garstka obcych mogła stanowić dla niego zagrożenie. Zamierzał zwabić Hiszpanów w głąb swojego terytorium i tam się z nimi rozprawić. Hiszpanie wkroczyli do na wpół opuszczonej Cajamarki. Zaraz po zajęciu miasta Pizzaro wysłał do inkaskiego władcy delegację z zadaniem zaproszenia Atahualpy na spotkanie z Hiszpanami. Kiedy zbliżała się pora pojawienia Inki, Pizzaro starannie rozmieścił swoich żołnierzy, przygotowując własną pułapkę. Atahualpa przybył na główny plac Cajamarki niesiony w lektyce przez 80 szlachetnie urodzonych Indian i w otoczeniu groźnej gwardii przybocznej liczącej kilka tysięcy wojowników. Kapelan Pizzara starał się nawrócić Atahualpę na chrześcijaństwo wręczając mu modlitewnik. Jednak władca Inków rzucił na ziemię ofiarowaną książkę. Pizzaro dał sygnał do uderzenia na Indian. Nagle odsłonięto jedyną, ale za to strategicznie ustawioną armatę, ta zaczęła ostrzeliwać tłum Indian, powodując wśród nich przerażenie. Piechurzy i kawalerzyści porzucili swoje ukrycia w budynkach otaczających plac. Skierowali lufy swoich arkebuzów na tłum indiańskich wojowników i zasypali ich morderczym ogniem. Jednocześnie Pizzaro wraz ze swoimi pomocnikami rzucił się w stronę Atahualpy i uprowadził go. Tymczasem ogarnięci paniką i bezradni wobec broni palnej Indianie zadeptywali się wzajemnie na śmierć. Zginęło ich wówczas ponad dwa tysiące. Ani jeden Hiszpan nie stracił życia. Zapadła noc i wielotysięczny tłum andyjskich Indian, którzy czekali pod bramami Cajamarki, również został ogarnięty paniką na widok przepełnionych przerażeniem wojowników. Po raz pierwszy i ostatni zdarzyło się, że mała grupa składająca się wyłącznie z Hiszpanów dokonała tak niewiarygodnego, bojowego wyczynu.
Okrucieństwo konkwistadorów było drugorzędną przyczyną wielkiej katastrofy demograficznej, która nastąpiła w Nowym Świecie. Po prostu nie było w Ameryce dość Hiszpanów, żeby wymordować aż tylu tubylców, ilu w tamtym okresie straciło życie. Trzeba więc uznać, że głównym powodem tego ogromnego spadku liczby ludności indiańskiej były choroby zakaźne przywleczone przez Europejczyków. Oczywiście także przed przybyciem białych Indianie cierpieli na różne choroby zakaźne i zdażały się epidemie, ale inwazja hiszpańska przyniosła ze sobą nowe, okrutne schorzenia, na które tubylcy nie byli uodpornieni. Zarazki przywędrowały do Ameryki w organizmach Europejczyków, zaatakowały ludność Wysp Antylskich już niedługo po wylądowaniu Kolumba, a na stały ląd Ameryki Środkowej dotarły wcześniej niż wyprawa Cortesa. Pierwsza wielka epidemia ospy wybuchła na Hispanioli już w końcu 1518 roku, a do Meksyku dotarła w roku 1520. Wydaje się, że rozszerzyła się również na znaczne obszary Ameryki Północnej, a być może także na imperium Inków. Europejczycy przynieśli ze swego kontynentu oraz Afryki cały szereg zabójczych chorób zakaźnych, takich jak: ospa, tyfus, odra, błonica, grypa, dur brzuszny, dżuma, szkarlatyna, żółta febra, świnka, katar, zapalenie płuc i rzeżączka. Wtedy też rozpowszechniła się w Ameryce kiła, ale mogła to być mutacja choroby dawniej tam istniejącej. Pojawienie się tego schorzenia w tym samym czasie w Europie wielu wiąże właśnie z odkryciem Ameryki, co stanowi dość logiczne wytłumaczenie. Wspomniane choroby spowodowały prawdziwe spustoszenie wśród Indian. To masowe wymieranie ludności tubylczej miało również inne przyczyny, ale te działały albo pośrednio, albo też wywierały swój wpływ dopiero po dłuższym czasie.
Epidemie poprzedzały oddziały europejskich zdobywców Ameryki. Przywleczone przez nich zarazki rozprzestrzeniały się bowiem za pośrednictwem powietrza, szczurów, owadów oraz poprzez tubylców. Ostatni niekwestionowany władca Inków Huayna Capac, zmarł na dżumę tuż przed 1528 rokiem, czyli jeszcze na parę lat przedtem zanim pojawili się Hiszpanie. Zarazki ospy podkopywały fundamenty amerykańskich imperiów i torowały drogę europejskim zdobywcom. Dziś można by powiedzieć o nieświadomym zastosowaniu broni biologicznej. Plagi nawiedziły Nowy Świat poprzez zetknięcie się z tym Starym.
