Dość często napotykam się na informacje o kiepskich testach na wykrywanie modnego wirusa, które niewiele mi mówią. Wczoraj natknąłem się na komentarz, o kiepskiej wykrywalności CoVid, który dodatkowo dawał link do artykułu: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32219885. Przeczytałem go i skomentowałem dość obszernie. Teraz pomyślałem, że warto wstawić ten komentarz, jako odrębną notkę. Artykuł, który być może jest przyczyną wątpliwości, moim zdaniem nie zasługuje na taki poklask. Streszczam go więc, jeśli ktoś z niego więcej wyczyta, to chętnie podyskutuję i ewentualnie zweryfikuję swoją opinię.
- Dane pochodzą ze szpitala w Wuhan, z 610 pacjentów, których przyjęto w dniach 2-17 lutego. Obsługiwało ich 18 lekarzy i pielęgniarek. Z tego, co między wierszami, wynika, że przeżyło ok. 7 osób (opisywane ciągi poboru próbek kończą się zwrotem "not available"). Pacjenci zostali zdiagnozowani z kowidowym zapaleniem płuc na podstawie obrazu tomografii komputerowej. Chyba, bo angielski jest z literówkami, które budzą niejasności. Może ktoś lepiej rozumie: "patients in Wuhan with a chest CT image demonstrates viral pneumonia were clinically diagnosed with COVID‐19".
- W rozdziale "Metody" nie jest opisany sposób wykrywania. W mglisty sposób cytują publikację, opisującą metodę. Częściowo ją przejrzałem, a tam są podane 4 zestawy odczynników do wykrywania trzech genów. Kto chce coś poczytać o metodyce, to polecam moją poprzednią notkę.
- Tu nie ma najmniejszej wzmianki, jak przeprowadzali reakcję, podają tylko w opisie 3 rodzaje wyników: pozytywny, wątpliwy, negatywny.
- Na wejściu badają wszystkich pacjentów i uzyskują ok. 27% pozytywnych, 9% wątpliwych i 63% negatywnych.
- Co 1-2 dni (to jest nieprecyzyjne i niewystandaryzowane) pobierali wymazy i wykrywali wirusa. I wyniki były "tu mi wyszło, a tam nie". Bez jakichś kontroli, o które każdy recenzent pracy by się przyczepił. O dziwo, nawet w dyskusji to przyznają: "Theses may be caused by insufficient viral material in the specimen, laboratory error during sampling, or restrictions on sample transportation".
Moja konkluzja: na podstawie takiej pracy nie ośmieliłbym się głosić, że metoda jest niewiarygodna. Może ktoś przytoczy jakieś lepsze źródło takiej oceny? W cytowanej tam źródłowej publikacji opisującej metodę wyliczają solidnie, że poziom detekcji to 4 cząstki RNA wirusowego w reakcji. No i przede wszystkim: na jakiej podstawie, u pacjentów negatywnych względem wirusa stwierdzono, że jest on powodem zapalenia płuc?
PS. Dla zainteresowanych prawami pacjenta: podawali, że jego zgoda na badania nie jest wymagana (The requirement for informed consent was waived because the patients were part of a public health outbreak investigation). Po przemyśleniu uznaję, że to nie takie głupie, bo co to komu przeszkadza, co zrobią z glutami pobranymi z gardła, niczyich danych osobowych nie publikowali.
